Farmanguinhos primaquina é utilizado no tratamento da malária causada por Plasmodium vivax, Plasmodium falciparum, Plasmodium ovale ou malária mista. Também é indicado no tratamento de pneumocistose e de pacientes portadores do vírus HIV com pneumonia por Pneumocystis carinii (recentemente denominado Pneumocystis jirovecii), em associação à clindamicina como tratamento alternativo.