O metronidazol está indicado na profilaxia e tratamento das infecções causadas por bactérias anaeróbias como Bacteróides fragilis e outros bacteroides, Fusobacterium sp Clostridium sp, Eubacterium sp e cocos anaeróbios. Está indicado também na prevenção e tratamento das infecções pós-cirúrgicas, nas quais os anaeróbios tenham sido identificados ou suspeitos.